Terbentuknya  JARI INDONESIA secara Nasional berawal dari Pertemuan nasional pada bulan April 1999 yang di hadiri 33 aktivis ornop dan peneliti independen dari 27 provinsi yang mengidentifikasikan bahwa “ salah satu penyebab utama terjadinya krisis di indonesia dan meningkatnya kejahatan korupsi adalah karena lemahnya sistem dan mekanisme kontrol pemerintah dan tidak berjalannya pengawasan independen dari masyarakat “. Karena itu para peserta sepakat untuk membangun jaringan pengawasan pembangunan yang berbasis masyarakat komprehensif dan kontinyu terhadap keseluruhan proses pembangunan Prakarsa ini terus berkembang sampai terbangunnya suatu organisasi yang mengkhususkan diri terhadap pengawasn pembangunan berbasis komunitas; JARI INDONESIA. Secara hukum JARI INDONESIA terbentuk sebagai perhimpunan sejak tanggal 16 november 2000.

Idiologi Jari Indonesia kemudian mengalir ke daerah-daerah yang mengamini terjadinya krisis di Indonesia, yang kemudian dalam prosesnya melahirkan Jari Indonesia Kalimantan Tengah di Palangkaraya-Kalimantan Tengah sebagai bagian dari gerakan JARI INDONESIA. Jari Indonesia Kalimantan Tengah lahir dari gerakan aktivis mahasiswa di Kalimantan Tengah yang prihatin atas Proses Pembangunan yang tidak berpihak terhadap masyarakat sipil, yang selanjutnya mendorong generasi muda untuk terlibat aktif dalam mengawal proses pembangunan. secara de facto JARI INDONESIA Kalimantan Tengah berdiri pada Bulan Agustus 2004 di Banjarmasin-Kalimantan Selatan, dalam Musyawarah Wilayah JARI Borneo Bagian Barat (JARI BORBAGBAR), dan secara de jure lahir pada bulan januari 2005, dan secara  sah   pada tanggal 5 Februari 2009  pukul 13.30 wib  JARI INDONESIA Kalimantan Tengah disahkan dihadapan Akta Notaris Agustri Paruna,SH. dengan Akta Notaris No.20, dengan dihadiri oleh HERRY MUSHTHAFA SE, DIMAS   NOVIAN   HARTONO SE dan JENNY FRANSISKA SIAHAAN S.Hut. Periode pertama kepengurusan dipimpin oleh Herry Musthafa SE  sejak Agustus 2004 s/d Desember 2010, sedangkan periode selanjutnya 2011-2013, sejak Januari 2011 sampai sekarang dipimpin oleh Linggarjati sebagai Direktur Eksekutif.